Het principieel programma is vertaald in een grafisch plan en bijhorende stedenbouwkundige voorschriften. Voor de stedenbouwkundige voorschriften is zoveel mogelijk uitgegaan van de typevoorschriften. Waar nodig zijn gebiedsspecifieke bepalingen toegevoegd. Bij de opmaak van voorliggend ruimtelijk uitvoeringsplan werd beperkt afgeweken van het principieel programma.

In afwijking van het principieel programma is:

- enkel op rechteroever een milieucluster aangeduid en herbestemd naar gebied voor afvalverwerking en recyclage. De uitbouw van een milieucluster aan Hooge Maey op rechteroever wordt in het tussentijds strategisch plan expliciet vermeld als een structuurbepalend element van de gewenste ruimtelijke structuur. Op linkeroever bleek het aanduiden van een milieucluster een ruimtelijke differentiëring per activiteit met zich mee te brengen die niet wenselijk is;

- de raamstructuur van het spoorwegennet en de bundels gedetailleerder opgenomen in het grafisch plan:

Op beide oevers wordt een lus voorzien, vertrekkende en toekomende aan het vormingsstation, bestemd als ‘gebied voor verkeers- en vervoersinfrastructuur’ of ‘gebied voor spoorinfrastructuur’. In de rand wordt opgemerkt dat de opname op het rup van het raamwerk voor de spoorinfrastructuur niet mag begrepen worden als dat het raamwerk zou behoren tot de basisinfrastructuur uit het havendecreet. Artikel 7 van het besluit van de Vlaamse regering van 13/07/2001 houdende de aanduiding van de maritieme toegangswegen en de bestanddelen van de haveninfrastructuur bepaalt dat enkel de daarin opgesomde zaten van spoorwegen behoren tot de basisinfrastructuur.

- Op de grens met het grootstedelijk gebied Antwerpen volgt de grenslijn van het zeehavengebied de grenslijn van het grootstedelijk gebied Antwerpen. Ter hoogte van de aanzet van het Albertkanaal wordt een aanpassing van de grenslijn van het grootstedelijk gebied voorzien zodat het Albertkanaal niet tot het zeehavengebied behoort. Ook ter hoogte van de Royerssluis wordt een aanpassing van de grenslijn van het grootstedelijk gebied voorzien zodat een eventuele toekomstige uitbreiding van de sluis in het zeehavengebied komt te liggen.

Het principieel programma voor het rup bevat de herbestemming in functie van de E34 en de uitbreiding van deze weginfrastructuur, voor het deel van voor de kruising met de N451 tot aan de Canadastraat. De planMER voor de E34 en de parallelwegen dient te zijn goedgekeurd opdat de E34 of de parallelwegen kunnen worden meegenomen in het afbakeningsrup. De richtlijnen dateren van 29 juni 2010. Voorlopig is de planMER nog niet afgerond. Bijgevolg is de betreffende infrastructuur niet meegenomen in het voorstel. Zodra de planMER is goedgekeurd, kan een bijkomend gewestelijk rup worden opgemaakt voor deze infrastructuur (naar analogie met andere infrastructuren, b.v. de A12 of de spoorinfrastructuren). De E34 is opgenomen in het actieplan.

In het planMER over het strategisch plan voor en de afbakening van de haven van Antwerpen in haar omgeving is rekening gehouden met een buffer ten zuiden van de E34 vanaf de R2 tot en met Blokkersdijk. Uit verder onderzoek blijkt dat de buffer ten zuiden van de E34 het industriegeluid niet kan bufferen, maar in de eerste plaats zal dienen voor de buffering van het verkeersgeluid van de E34. Naar aanleiding van de planMER voor de E34 en de parallelwegen worden de buffer voor mildering van het verkeersgeluid in het gebied ten zuiden van de E34 en de landschappelijke inpassing van de E34 verder onderzocht in een landschapsstudie. Ontwerpend onderzoek moet o.a. uitwijzen of de buffering van de Waaslandhaven dient te worden gebundeld ten zuiden van de E34 met de landschappelijke inpassing en geluidsafscherming van de E34. In voorliggend rup wordt de buffer ten zuiden van de E34 niet meegenomen. De buffer in de gewenste vorm wordt gekoppeld aan het ruimtelijk proces voor de E34.

Tot slot wordt via voorliggend ruimtelijk uitvoeringsplan de agrarische bestemming in de Ettenhovense polder bevestigd. Bij de opmaak van voorliggend ruimtelijk uitvoeringsplan kwam de Vlaamse regering overeen om de Ettenhovense polder bijkomend op te nemen in het rup omdat:

- de actie Ettenhovense polder is opgenomen in het ‘gebiedsgerichte programma 2010’ van AGNAS en dergelijke acties maximaal dienen te worden gekoppeld aan lopende initiatieven;

- de (her)bestemming van de Ettenhovense polder gekoppeld is aan het zeehavenproces door zijn ligging in de Speciale Beschermingszone (SBZ) ‘Schorren en polders van de Beneden-Schelde’. (De polder is grotendeels gelegen in een Vogelrichtlijngebied (dat zich ook op linkeroever bevindt). Pas nadat duidelijk werd dat in de Ettenhovense polder geen natuurcompensaties dienen te worden gerealiseerd kon men de bestaande landbouw bevestigen.)Hiertoe is in voorliggende toelichtingsnota een onderzoek tot m.e.r. geïntegreerd waarin aangegeven is dat het behoud van de agrarische bestemming geen negatieve impact op de SBZ kan veroorzaken.

Het gebied van de Ettenhovense polder is ook voorwerp van de planMER voor de Nx. Eén van de mogelijke tracés voor de Nx die in de planMER is onderzocht, doorkruist de Ettenhovense polder. Op 19/12/2012 is de planMER goedgekeurd. Afhankelijk van de tracékeuze zal mogelijks, om voorliggend gewestelijk ruimtelijk uitvoeringsplan te wijzigen, een nieuw gewestelijk ruimtelijk uitvoeringsplan worden opgemaakt ten behoeve van de realisatie van de Nx. Aangezien de Ettenhovense Polder bijkomend aan het principieel programma is opgenomen in het rup, wordt dit opgenomen in een apart deelplan.

Conform de beslissing van 11 september dienen de betrokken ministers voorafgaand aan de plenaire vergadering voor het rup een gemotiveerde afweging te maken van alle door het plan-MER voorgestelde milderende en natuurcompenserende maatregelen die betrekking hebben op het MMHA. Op 22 juli 2011 stemde de Vlaamse regering in met de afweging van de milderende en natuurcompenserende maatregelen alsook met de doelstellingen voor en fasering van natuurontwikkeling. Ze heeft de bevoegde ministers belast om in samenspraak met het Gemeentelijk Havenbedrijf Antwerpen en de Maatschappij LSO een afsprakenmatrix voor de realisatie van de natuurkerngebieden op te stellen. Ze heeft een procesmanager aangesteld voor het verdere verloop van het project en gelast de bevoegde ministers met de verdere uitvoering ervan.