Het decreet van 18 juli 2003 betreffende het integraal waterbeleid (Belgisch Staatsblad 14 november 2003) legt in hoofdstuk III, afdeling I, bepaalde verplichtingen op, die de watertoets worden genoemd.

Artikel 8 van dat decreet luidt:

"Art. 8. § 1. De overheid die over een vergunning, een plan of programma moet beslissen, draagt er zorg voor, door het weigeren van de vergunning of door goedkeuring te weigeren aan het plan of programma dan wel door het opleggen van gepaste voorwaarden of aanpassingen aan het plan of programma, dat geen schadelijk effect ontstaat of zoveel mogelijk wordt beperkt en, indien dit niet mogelijk is, dat het schadelijk effect wordt hersteld of, in de gevallen van de vermindering van de infiltratie van hemelwater of de vermindering van ruimte voor het watersysteem, gecompenseerd.

Een schadelijk effect wordt gedefinieerd als: "ieder betekenisvol nadelig effect op het milieu dat voortvloeit uit een verandering van de toestand van watersystemen of bestanddelen ervan die wordt teweeggebracht door een menselijke activiteit; die effecten omvatten mede effecten op de gezondheid van de mens en de veiligheid van de vergunde of vergund geachte woningen en bedrijfsgebouwen, gelegen buiten overstromingsgebieden, op het duurzaam gebruik van water door de mens, op de fauna, de flora, de bodem, de lucht, het water, het klimaat, het landschap en het onroerend erfgoed, alsmede de samenhang tussen een of meer van deze elementen".

In artikel 8 § 5 van het decreet integraal waterbeleid werden specifiek de ruimtelijke uitvoeringsplannen onderworpen aan de watertoets bij wijziging van het decreet van 25 mei 2007.

Op 20 juli 2006 keurde de Vlaamse Regering het ontwerp van uitvoeringsbesluit over de watertoets definitief goed. Het besluit geeft de lokale, provinciale en gewestelijke overheden, die een vergunning moeten afleveren, richtlijnen voor de toepassing van de watertoets. Het besluit, gepubliceerd in het Belgisch Staatsblad van 31 oktober 2006 (Nr. 350 - pag 58326), trad in werking op 1 november 2006.

Op 14 oktober 2011 werd het uitvoeringsbesluit gewijzigd. Dit besluit trad in werking op 1 maart 2012. De belangrijkste wijzigingen zijn het omzetten van de aanbeveling tot advies naar de adviesplicht en het wijzigen van de kaart van overstromingsgevoelige gebieden.